附 录 B (规范性) 流行性出血热病原学诊断方法
可采用逆转录聚合酶链式扩增(Reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)、实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(quantitative Real-time RT-PCR , qRT-PCR)、基因测序或其他经过评估合格的病毒基因组核酸检测方法进行检测,检出特异性病毒核酸具有确诊意义。 B.1 流行性出血热病毒RT-PCR法核酸检测 B.1.1 原理 PCR技术是在特异性引物存在的条件下,利用双链DNA分子碱基配对原则,在体外扩增DNA片段,其特异性取决于寡核苷酸引物的序列。引物与待扩增片段两条链两段DNA序列分别互补结合后,在DNA聚合酶催化下,引导引物的5′端向3′端方向延伸合成新链,是温度控制下可重复进行的热变性、复性延伸的温控循环过程,可使DNA产量呈指数上升。汉坦病毒为负链RNA病毒,PCR扩增检测前需经过逆转录酶作用,合成第一条cDNA链,再进行PCR扩增,即RT-PCR。设计不同特异性引物可扩增不同种汉坦病毒基因。从患者标本中提取病毒基因组RNA,利用适当方法进行核酸检测,可通过扩增片段大小鉴定、基因组序列比对分析、特异性引物探针序列等方式,达到病原体鉴定和基因分型目的。 B.1.2 实验材料 材料与试剂如下,可根据所选用试剂盒的不同有所增减: a) 急性期患者血标本或分离的汉坦病毒; b) RNA提取试剂盒; c) 汉坦病毒核酸扩增引物及分型引物(表B.1); d) 逆转录与PCR扩增试剂盒; e) 移液器(10 μL、20 μL、100 μL、200 μL、1000 μL)及配套吸头、PCR反应管、离心管(1.5mL)及管架、台式高速离心机、普通冰箱、旋涡混合器、PCR扩增仪等。 表B.1 流行性出血热病毒RT-PCR法核酸检测及基因分型参考引物序列
B.1.3 实验步骤 应参照所选用试剂盒说明书进行相关检测,参考步骤如下。 a) 病毒RNA的提取:按试剂说明书操作,制备模板RNA。 b) 逆转录合成cDNA:可用随机引物或病毒特异性引物,按商业化逆转录酶说明书进行。 c) PCR扩增: 根据实验室内所使用病毒核酸PCR扩增试剂盒特点,通用型正、反向引物配置第一轮PCR体系,进行第一轮PCR扩增。推荐反应条件为94℃预变性2 min,然后94℃变性30 s,55℃退火30s,72℃延伸1 min,反应40循环,最后72℃延伸10 min。第二轮分型PCR扩增体系配置采用分型正向引物与反向引物。推荐反应条件为94℃预变性2 min,然后94℃变性30 s,55℃退火30 s, 72℃延伸1 min,反应30循环,最后72℃延伸10 min。 d) 电泳分析:1.5%浓度琼脂糖电泳分析,根据扩增条带大小确定病毒型别。若条带的分子量与预期片段大小相同,则表明为特异性扩增产物。 必要时,可进行: e) PCR片段的回收和核苷酸序列测定:切下特异分子量条带,用凝胶电泳回收试剂盒回收纯化所扩增的DNA片段(按相应试剂盒说明书进行),测序仪测序。 B.1.4 意义 排除PCR污染后,扩增到特异性条带可确诊汉坦病毒感染,根据片段大小和序列测定可对汉坦病毒进行分型,阴性结果不能排除诊断。
B.2 流行性出血热病毒qRT-PCR法核酸检测 B.2.1 原理 在我国,流行性出血热主要由姬鼠型(汉滩型)和家鼠型(首尔型)汉坦病毒引起,根据病毒基因组序列特征,设计特异性引物和特异性荧光标记核酸探针,可快速实现病毒分型检测。探针结合部位位于引物结合区域内,其5’端和3’端可分别标记不同的荧光素,称为报告荧光基团(用R表示)和淬灭荧光基团(用Q表示,淬灭荧光基团也可用小沟结合物MGB)。当引物和探针同时与目的基因片段结合时,探针R基团发出的荧光信号被Q基团所吸收,仪器检测不到R所发出的荧光信号;当PCR扩增延伸到探针结合部位时,Taq酶发挥5’→3’外切核酸酶的功能,将探针水解成单核苷酸,探针上的R基团游离释放,所发出的荧光不再为Q基团所淬灭,可被检测仪接收识别,随着PCR循环扩增反应的延续,R和Q基团游离于溶液中的量不断增加,仪器可继续检测到R所发出的荧光信号。qRT-PCR可定性或定量检测标本中的病毒核酸。 B.2.2 实验材料 材料与试剂如下,可根据所选用试剂盒的不同有所增减: a) 急性期患者血标本或分离的汉坦病毒; b) RNA提取试剂盒; c) 汉坦病毒核酸实时荧光RT-PCR扩增检测引物(表B.2),或其他流行性出血热实时荧光RT-PCR检测试剂盒; d) 移液器(10 μL、20 μL、100 μL、200 μL、1000 μL)及配套吸头、PCR反应管、离心管(1.5mL)及管架、台式高速离心机、普通冰箱、旋涡混合器、实时荧光PCR仪等。 表B.2 流行性出血热病毒实时荧光RT-PCR法核酸检测参考引物探针序列
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